Klub, jehož historie se píše od roku 1905 a jemuž se mezi fanoušky jednoduše říkává AJA, pod názvem Association de la Jeunesse Auxerroise založil jistý Abbé Deschamps. Po něm je také pojmenován stadion, kam se vejde až 18 541 diváků. AJ Auxerre se stal vítězem nejvyšší francouzské soutěže v roce 1996, druhou ligu pak opanoval pro změnu v sezoně 1979/1980. Čtyřikrát získal i národní pohár (1994, 1996, 2003 a 2005), v pohárové Evropě ovládl dvakrát Intertoto Cup (1997 a 2006).
Na podzim 2009 si zahrál tento burgundský celek i ve skupině Ligy mistrů, ale v konkurenci Realu Madrid, AC Milán a Ajaxu Amsterdam skončil ve skupině čtvrtý. Mezi slavné hráče, kteří oblékali dres tohoto týmu, se řadí třeba Philippe Mexes, Djibril Cissé, Eric Cantona nebo Yaya Sanogo, ale také Laurent Blanc a Basile Boli. Auxerre si poprvé zahrálo francouzskou nejvyšší soutěž v sezoně 1980/1981 a v současnosti hraje Ligue 2.
